工藤新一X黑羽快斗（动漫名侦探柯南）一切的谜团都会被消灭，错失两年的谜团，终于在两年之后被解开。故事的起因由于一场漏洞百出的绑架案，这场绑架案可以说是根本不用脑子去想就可以解开的一个绑架案，但仔细想想又有点不一样，他好像不是boss，Boss在更远处的地方等待着他们。黑衣组织到底该如何击败？如果继续让他们留在日本，终究是祸害无穷。两年的谜团被解开，一个女孩的冤案终于可以见天光，而两人也将事情理清楚，在月圆之夜，献上一个热烈的吻。在与黑衣组织的最终对决之中，降谷零与赤井秀一和工藤新一与黑羽快斗一起，携手将黑衣组织打败。一切的黑暗终将结束。
