在第二天苏醒过来后，调查兵团就在瓮城的废墟之中，寻找艾伦老家的地下室，并获得了后半部分的真相。
原来，艾伦的老爹是来自岛外的艾尔迪亚人，且家族世代从医。后来因为小时候妹妹的死，而憎恨剥削压迫他们的马莱人。在艾伦的老爹长大后，便加入了隐秘的地下党。之后更是与流落岛外的唯一王室，戴安娜结婚，并生下一子，也就是艾伦的同父异母的亲哥哥吉克·耶格尔。
吉克从小就被父母偷偷灌输马莱都是坏人，艾尔迪亚人需要被拯救的思想，但吉克这个人却非常讨厌父母的这种思想灌输。于是叛逆的他，向马莱当局举报了自己的父母。
于是，吉克的父母就被带到了帕拉迪岛，准备注入脊髓液进行流放。
然后，戴安娜就成为了以后吃掉艾伦母亲的吃妈巨。艾伦他爹则比较幸运，最后被当时隐藏在马莱警务部的进击巨人之力宿主所救。
进击的巨人是唯一不受始祖巨人所控制的智慧巨人，同时它还拥有可以看到未来的能力。在未来中，他看到了艾伦老爹继承了自己的力量，于是便出手救了他。
之后，艾伦老爹来到了帕拉迪岛墙内，重新娶妻生子，并成为了当地一位有名的医生，艾伦就是他的二儿子。后来，眼看自己13年的大限将近，再加上未来的艾伦幽灵不断在其耳边怂恿。
于是，艾伦的老爹在玛利亚之墙城破的前一天，去往了王都，谋划夺取始祖巨人之力。
成功后，结果回来发现老婆死了，家也没了。于是情绪崩溃的他，终于献祭了自己，让艾伦吃掉了他，从而让艾伦同时获得了始祖巨人和进击巨人两种力量。
因为，他看到了未来的艾伦。将会发动地鸣灭世，再加上幽灵从旁蛊惑，于是便果断将所有的使命都推给了年幼的艾伦，并告诉他，老家地下室里有着这个世界的真相。
而那个真相，就是他老爹的一个日记本，里面记载了岛外的世界，以及他是如何来到帕拉迪岛的。
当得知了海的对面不是自由，而是敌人后。艾伦陷入了巨大的痛苦，而得知了这份真相的调查兵团则是充满的凝重。
特别是埃尔文团长，他没想到自己苦苦追寻一生的真相居然会是这样，也有点小失望呢。
后来，就在他们准备返回告知王都这份情报，以及请求星核001或艾伦等巨人之力的持有者，帮忙堵住玛利亚之墙的破洞时，早已埋伏的兽巨·吉克登场了。
就和动漫第三季的一样，突然出现的漫天投石，瞬间就打得调查兵团死伤惨重。新兵们一个个瑟瑟发抖，而莱纳他们也胆怯的想要临阵倒戈。
也就在这一关键时刻，星核001出手了。直接中门对狙，一发镭射炮，爆掉了兽巨的脑袋。并将其带来的无垢巨人群，给一一点杀。
如此恐怖的力量，瞬间就把准备倒戈的战士三人组给吓退了回去。
车力巨人·皮克·芬格尔从旁边的森林里跃出，一口咬掉了兽巨的后脖颈，想要带着吉克快速逃离。但装备了北极星系统的星核001，直接就飞了过去。打断了其四肢，将他俩都给抓了回来。
这一下，除了战锤巨还在戴巴家外，兽巨、车力巨、超巨、铠巨、进击巨、始祖巨、女巨都到齐了，星核001见状也直接点破了104期新兵·颚巨尤米尔，以及王女克里斯塔·连兹的身份。
随后，星核001告知了他们解决世界纷争的办法，但吉克思想中毒太深，假意赞同，但内心依旧想完成他的计划。而艾伦则已经开始与中微子幽灵的同步率越来越高了。特别是在与王女克里斯塔·连兹行亲吻手部的礼仪时，看到了未来所发生的一切，并在中微子幽灵的唆使下，完成了最后的同步。
如此一来，艾伦和吉克两人暗中一拍即合，准备执行接下来的计划。
他们先是跟随调查兵团返回了王都，准备向世人揭开真相。结果遭到了王权派宪兵的刺杀，死了原本动漫中死去的那一批人，当然也有着兵长和他亲舅舅的生死大战。
而星核001在其中所发挥的作用，就是威慑那些贵族，不准他们调兵对调查兵团的诸位展开迫害。
最后就像动漫里演绎的那样，伪政府被推翻，王女克里斯塔被推上了女皇之位，建立了新的艾尔迪亚王国。
她做的第一件事，就是公布了从星核001那里知晓的世界真相。
结果引发了臣民和全国的震惊，并对岛外的马莱表示了痛恨。全国民意开始朝着复仇和备战的方向转变！并呼吁利用巨人之力，以其人之道还治其人之身。
后来，吉克见不能再等下去了，于是准备要求艾伦一起发动最后的行动，将艾尔迪亚人毁灭！
行动步骤分为两步，第一，杀死女皇克里斯塔。这样一来，吉克自己就成为了世界上唯一的王室。而始祖巨人的力量，只有王室可以调用。于是，他便想利用这份力量，彻底修改艾尔迪亚人的基因，从而剥夺他们的生育权。因为他认为，只有艾尔迪亚人从这个世界消失了，那么万恶之源的巨人之力才会烟消云散。从此，世界才会没有战争和剥削。
但他的想法显然是天真了，已经黑化的艾伦正是利用了他的这份天真，从而借他王室血脉之手，发动了【地鸣】。
然后城墙倒塌，上千万的超大型巨人如同排山倒海的人墙，去往了大陆。沿途所过，地动山摇，践踏成灰，如同末日之景。
星核001没有阻止。他默不作声的看着无数人死去，好似一位旁观者。
随着世界联合海军舰队的覆灭，艾伦所发动的【地鸣】也终于登上了大陆。无数的城市、森林、人类，统统在巨人的脚下化为了齑粉。
随后，在阿尔敏、三笠等人拼命劝说下，星核001觉得也差不多了，于是便呼唤出了月球背面的行星发动机。直接调转了引擎喷口，发出了一道道毁灭的光柱。
从仅剩的大陆人类，占据最后的高原要塞的视角上。他们所看到的是从天而降的光柱，如同天基武器一般，来回横扫，很快就将上千万的超大型巨人给消灭得一干二净。
最后，艾伦被打断了骨架，从高空掉落了下来。而生骸·尤米尔的真身，也随之出现，准备进行暴走。
但星核001念在与它旧识一场，没有杀掉它。而是将其关进了坐标之地。
等一切尘埃落定，看着满目废墟，生灵涂炭的大地时，人类开始互相反思。而星核001也终于不再藏拙，直接动用了他身为“神”的伟力。
在保留了世界众人记忆的同时，也将整个星球的时间，重新回拨到了一切悲剧的发生之前。
从那以后，巨人之力完全消失了，人类和平了，生骸·尤米尔也如她所愿，被星核001重新转化为了人类。所有人都获得了自己的幸福，而艾伦也和整个人类一起，获得了他们想要追寻的新自由。那便是..........征服头顶的星辰大海！
而月球，即是他们人类6.3亿年前来到此处新家园的巨大飞船，同时也是往后令他们人类飞向星辰大海的起点！
【去往月球吧！你们的祖先，在那片废墟之下，埋藏了大量你们曾经所失落的科技！】
【艾伦，追寻自由的少年啊！你找到你的幸福了吗？】
【是的，我找到了。谢谢你，星核001。】
（巨人番外完！感谢观看，之后会写第一个末日飞船的故事。） 蓝星，夏国。
肿瘤科病房，弥漫着医院独有的消毒水味道。病房是单人间，设施俱全，温馨舒适。
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可对于孑然一身的路遥来讲，却是无人问津的等死之地。
他是癌症晚期，靠着意志力撑到现在，但也只是多受几天罪罢了。
此刻，路遥躺在病床上，怔怔望着床头柜上的水杯，想喝口水。
可他拼尽全力却无法让身体离开病床。剧痛和衰弱，让这原本无比简单的事情成了奢望。
这时，一道幸灾乐祸的声音响起：“表哥~你真是狼狈呢。连喝口水都得指望别人施舍。”
一位英俊的年轻男子悠闲坐在病床前，翘着二郎腿，眼睛笑成一道缝。
“你求求我，我给你喝口水如何？”
路遥面无表情，一言不发。自从失去了自理能力，一帮亲戚的嘴脸已经见多了，不差这一个。
男子起身，将水杯拿在手里递过来，“表哥别生气，我开玩笑的，你对我这么好，喂你口水还是能办到的。”
说完话，他将水杯里的水，缓缓倒在路遥苍白消瘦的脸上。
被呛到，路遥无力的咳嗽几声，好在少量的水流过嗓子，让他有了几丝说话的力气：
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“张鑫，为什么？我从未得罪过你。你去星盟国留学，还是我资助的！”
张鑫将水杯放下，不紧不慢的说：“谁让你这么古板呢，只是运点感冒药罢了，又不犯法，你非得千方百计的拦着。”
路遥脸上闪过一丝了然之色，道：“张鑫你这垃圾，狗改不了吃屎。将感冒药运到国外提炼毒品……咳咳……”
张鑫理了下领带，笑道：“你别血口喷人啊，我可是国际知名企业家。这次回国，‘省招商引资局’还打电话欢迎我呢~”
路遥叹了口气，现在的自己什么都做不了，索性闭上眼睛不再说话，安静等待死亡的到来。
但张鑫却不想让眼前饱受病痛折磨、即将离世的表兄走好。他附身靠近，悄悄说道：琇書蛧
“表哥啊~其实呢，我这次回国主要就是见你一面，告诉你一声——你的癌，是我弄出来的~”
路遥陡然挣开眼，“你说什么！”
张鑫笑眯眯的掏出个铅盒打开，里面是件古怪的三角形饰物，仅有巴掌大小，中间是只眼睛似的图案，一看就很有年代感。
“眼熟吧？这是我亲手送你的，货真价实的古董。我在里面掺了点放射性物质，长期接触就会变成你现在这副鬼样子。”
路遥马上认出来，这是自己很喜欢的一件古物，天天摆在书桌上，时不时的把玩，没想到却是要人命的东西！
他伸出枯枝似的手臂，死死的抓住眼前人的胳膊！“你……”
“别激动~表哥，我西装很贵的。”张鑫轻松拿掉路遥的手，小心的捏起铅盒，将放射性饰物塞进他怀里。
“我赶飞机，得先走一步。你好好留着这个当做纪念吧，有机会再去你的坟头蹦迪~”
说完话，张鑫从容起身离开。临走前，还回头俏皮的眨眨眼。他原本就男生女相，此时的神态动作居然有些娇媚。
保镖很有眼力劲，赶紧打开病房门。同时用无线耳麦联络同事，提前发动汽车。
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路遥只能无力的瘫在床上，浑身皆是钻心剜骨般的剧痛，还有无穷悔恨、不甘。
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但很快，剧痛渐渐消失，只剩麻木，路遥隐约听到过世的双亲在喊他。
就在路遥的身体越来越飘，即将失去意识时，胸口突然阵阵发烫，将他惊醒。
从怀中摸出那三角形饰物，发现这玩意变得滚烫无比，还在缓缓发光！
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